PDE1B

PDE1B

A gene on chromosome 12q13 that encodes a cyclic nucleotide phosphodiesterase, which plays a critical role in signal transduction, regulating intracellular cyclic nucleotide concentrations by hydrolysing cGMP and cAMP to GMP and AMP. As with other PDE1s, PDE1B is activated by calmodulin in the presence of Ca2+.
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Furthermore, differential expressions of the exportin 4 (XPO4) and phosphodiesterase 1B (PDE1B) genes were identified in HCC as well as in NASH; however, the physiological role of these genes in NASH-related HCC is still unknown [33, 34].
The methylation of the CpG island near the PDE1B gene was shown to be linked with survival in HCC patients; nevertheless, the only epigenetic change that has clearly been linked to NASH-related HCC is the gene encoding chromodomain helicase DNA-binding protein 1 (CHD1) [37].
IFN-[alpha] stimulation of BMM was also associated with the upregulation of guanylate kinase (GUK) and downregulation of phosphodiesterase 1B (PDE1B), suggesting these cells may favour cGMP production.
The genomic sequence variants identified for association with growth or growth-related traits of Korean cattle might include intragenic SNPs of the genes encoding dishevelled segment polarity protein 1 for eye muscle area (Kim et al., 2011), mitogen-activated protein kinase kinase 6 (MAP2K6) and uncoupling protein 2 for carcass weight (Ryu et al., 2012), and phosphodiesterase 1B (PDE1B) for Longissimus dorsi muscle area (Shin et al., 2012) and intergenic SNPs of rs110228023 for eye muscle area (Kim et al., 2011) and rs29012331 for yearling weight (Kim et al., 2014).
Genetic association of Phosphodiesterase 1B (PDE1B) with carcass traits in Korean cattle.
El objetivo del presente estudio fue identificar QTL que tengan efecto sobre las caracteristicas de crecimiento a partir de la construccion de un mapa de ligamiento para determinar el orden de los marcadores de los genes factor miogenico 5 (MYF5), fosfodiesterasa calmodulin estimuladora de los nucleotidos ciclicos (PDE1B) y el factor de crecimiento insulinico 1 (IGF1), y los microsatelites BM6026, CssM34, RM500, ETH10 para el cromosoma 5 bovino (BTA5) en una poblacion de la raza romosinuano.
Los genotipos de los genes MYF5, PDE1B, IGF1, y los microsatelites BM6026, CSSM34, RM500, ETH10, se amplificaron utilizando los iniciadores que se presentan en la tabla 1.
(12); para el gen PDE1B se escogieron de acuerdo con lo reportado por stone et al.
Para la deteccion de los genotipos se empleo la metodologia indicada para cada marcador, asi: para el marcador MYF5 se uso la tecnica de polimorfismos de longitud de fragmentos digeridos (RFLP), usando la enzima TaqI y los productos de digestion se separaron en geles de agarosa al 1,5%; para el marcador PDE1B se empleo el polimorfismo conformacional de cadena sencilla (SSCP) / Heteroduplex, y para el IGF1 se utilizo SSCP
se evaluaron los efectos entre familias (n=12), con un total de 84 individuos (72 progenies y 12 padres) para las caracteristicas de crecimiento: peso al nacimiento (peso 0m), peso al destete (peso9m), peso al ano (peso12m) , peso a los 16 meses (peso16m), area de ojo del lomo a los 12 y 16 meses (AOLpeso12m y AOL peso16m), espesor de grasa dorsal a los 12 y 16 meses (EG peso12 m y EG peso16m), espesor de grasa del anca a los 12 y 16 meses (P8 peso12m y P8 peso16m), ganancia diaria predestete y posdestete (GDD y GDPG) y los genotipos de los genes MYF5, PDE1B, IGF1, y de los microsatelites BM6026, CssM34, RM500, ETH10.
Como se observa en los resultados obtenidos en la tabla 3, para la caracteristica de peso0m se detecto un QTL (p [menor que o igual a] 0,05) para el grupo de marcadores BM6026MYF5-PDE1B-CSSM34-RM500ETH10-IGF1 a los 45 cM delimitado por los marcadores MYF5 y PDE1B (vease figura 2a), siendo las familias significativas la 4 con un valor de Ab(t) de 2,23, lo cual evidencio la presencia de un QTL en el analisis entre familias.
This is similar to the case of the three SNP markers in bovine genes HEM1 and PDE1B, located at chromosome 5 (BTA5), which associated with traits relating to carcass fat; steers homozygous for the major haplotype (CGA) had 1.11 [+ or -] 0.35% less of the predicted fat yield and 0.79 [+ or -] 0.3% more of the predicted retail product yield than heterozygous steers (CGA/AAG) (Stone et al., 2005).