Dentro de las causas organicas se incluyen: esofagitis, ulcera peptica, duodenitis, infeccion por Helicobacter pylori, infeccion urinaria, enfermedad hepatobiliar, enfermedad inflamatoria intestinal (EII), parasitos intestinales (
ascaridiasis, giardiasis), porfiria, malrotacion intestinal, obstruccion intestinal recurrente, pancreatitis, litiasis urinaria, dolor musculo-esqueletico referido, intolerancia a carbohidratos, etc.